Colaboración con el CSIC para acelerar la búsqueda de fármacos contra el coronavirus

La presidenta de la Diputación de Cádiz, Irene García, ha anunciado que pondrá a disposición del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), las capacidades de computación del Centro de Proceso de Datos (CPD) de EPICSA, la Empresa Provincial de Información de Cádiz para acelerar la búsqueda de un fármaco que actúe contra el SARS-CoV-2. Se trata de una iniciativa de ciencia ciudadana promovida por el CSIC y la Fundación Ibercivis a través del proyecto COVID-PHYM.

“Encontrar un fármaco que frene la pandemia exige una gran capacidad de cálculo y tenemos que sumarnos a proyectos como estos, que contribuyan a mejorar el bienestar de la sociedad en todos los sentidos”, ha manifestado Irene García. Por su parte, el CSIC ha mostrado el interés y profundo agradecimiento del grupo de investigadores que está llevando a cabo este proyecto, a la Diputación de Cádiz y al Patronato de Turismo, por esta generosa iniciativa.

En esta actuación, el Patronato Provincial de Turismo solicita el apoyo del sector turístico para que disponga de sus ordenadores para operaciones de cálculo. “Estamos muy interesados en acelerar el control de los efectos del coronavirus, porque nos va la vida en ello. La vida de muchas familias que viven del sector turístico”, ha explicado José María Román, vicepresidente primero de la institución provincial y diputado de Turismo. Por esta razón, el Patronato quiere involucrar al sector turístico gaditano y que también se sienta parte de la solución.

Ciclo del SARS CoV2.

“Cualquier persona puede colaborar, dejando que su ordenador realice operaciones de cálculo durante la noche, mientras está en pausa, de forma testimonial o durante el horario que considere conveniente –ha indicado José María Román-  porque nosotros, lo que queremos, es que cada uno colabore en la medida de sus posibilidades”.

Para ello, el Patronato Provincial de Turismo ha enviado un correo a todos los contactos que figuran en la base de datos para que entidades públicas y privadas colaboren cada uno con la disponibilidad que su situación le permita.

El Día de Internet

La diputada de Innovación, Municipios Inteligentes y Transformación Digital, Isabel Gallardo, ha resaltado que la iniciativa se pone en marcha coincidiendo además con el Día de Internet el próximo domingo 17, cuyo objetivo es acercar la Sociedad de la Información y promover un contexto digital útil y confiable para todos los colectivos, “y qué manera tan grande de celebrarlo, pudiendo colaborar en un proyecto tan necesario y tan solidario como este”.

Para esta finalidad, EPICSA pondrá a disposición del proyecto un servidor de altas prestaciones con doble procesador Intel Xeon de 16 cores cada uno. En total, 32 cores de cómputo y 512 Gb de RAM.

Llaves para bloquear el virus

Puesto que algunos medicamentos en uso ya han demostrado ser suficientemente seguros para la salud humana, podrían estar disponibles para tratar a pacientes con COVID-19 mucho antes que un compuesto de nueva creación y, por tanto, acelerar el control de la pandemia, como afirman desde el CSIC.

Coronavirus.

Javier Martínez de Salazar, líder del grupo Biophym, del Instituto de Estructura de la Materia del CSIC ha explicado que  “buscar un compuesto capaz de neutralizar una proteína concreta es como probar un enorme número de llaves para abrir una cerradura y, cuando este proceso se simula por medios informáticos, exige una gran potencia de cálculo”.

Bajo esta premisa, el grupo Biophym se ha propuesto “realizar simulaciones de la interacción de fármacos empleados contra el Ébola, la infección por VIH, la gripe o la hepatitis B con la maquinaria de replicación del genoma del virus SARS-Co-V”.

Para ello recurrirá a técnicas informáticas y a la ayuda de los ordenadores de miles de personas voluntarias conectadas a través de la plataforma de computación distribuida de Ibercivis. Estas operaciones mostrarán si alguna de las moléculas logra inhibir una proteína clave en la multiplicación del virus denominada ‘ARN polimerasa dependiente de ARN’. De ser así, el fármaco se convertiría en un candidato idóneo para ser probado en ensayos clínicos con personas.  

Un supercomputador ciudadano contra la pandemia

Un ordenador convencional tardaría varios años en ejecutar los cálculos necesarios para llevar a cabo la investigación. Por eso, el proyecto contará con el apoyo de los miles de ordenadores personales que forman parte de la plataforma de computación distribuida de Ibercivis (‘Ibercivis BOINC’), a la que cualquier persona que quiera colaborar se puede unir. Las operaciones se dividirán en pequeños paquetes que se enviarán a cada dispositivo. De esta forma, se alcanzará una capacidad de cálculo similar a la de un supercomputador y se podrán desarrollar todas las actividades del proyecto.

Estrucutura del Coronavirus.

Las personas voluntarias solo tienen que descargar el programa BOINC, una aplicación de código abierto desarrollada por la Universidad de Berkeley, y unirse a ‘Ibercivis BOINC’ en el momento de la instalación. Al hacerlo, podrán elegir fácilmente cuándo y cómo participar. Por ejemplo, quien no quiera que la capacidad de cálculo de su ordenador se vea afectada mientras lo usa, solo tiene que dejar la configuración por defecto para que el programa se ejecute únicamente en los tiempos de pausa, cuando salta el salvapantallas. Al activarse BOINC, el ordenador recibirá una colección de datos y las instrucciones para analizarlos. Los resultados obtenidos se devolverán al proyecto para ser estudiados por el equipo investigador.

¿Cómo unirse al proyecto?

Colaborar solo requiere entrar en www.csic.es y descargar el programa BOINC. Una información localizable en el banner del CSIC “Ciencia Ciudadana para frenar el coronavirus. Pon a tu ordenador a cribar fármacos contra la COVID-19”. Un banner situado en rotación en la portada de la web.

O bien:

1. Descargar e instalar BOINC desde  https://boinc.berkeley.edu/
2. Unirse al proyecto ‘Ibercivis BOINC’ desde la aplicación BOINC. Una vez instalada la aplicación BOINC:

Ejecutar BOINC

Hacer click en ‘Añadir proyecto’

Introducir https://boinc.ibercivis.es en el apartado ‘URL del proyecto’ y hacer click en ‘Siguiente’